NMR spectra of oilseed rape (Brassica napus) root exudates
No Thumbnail Available
Date
2024-02-09T15:35:08.33795Z
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Swedish National Data Service
Svensk Nationell Datatjänst
Svensk Nationell Datatjänst
Abstract
Description
The dataset contains 1D and 2D NMR spectra of root exudates from various varieties of oilseed rape (Brassica napus). A Bruker Avance III 600 MHz spectrometer connected to Topspin version 3.5 was used to record the spectra.
Included are 1D-1H-NOESY, (1H,1H)-TOCSY, (1H,13C)-HSQC, CPMG, and 1D-diffusion spectra of intact root exudates as well as 1D-1H spectra of a sample treated with ultrafiltration and solid phase extraction (SPE), respectively. The dataset further includes spectra from a spike-in experiment where different concentrations of five metabolites were added to a pooled root exudate sample as well as a blank sample. All samples have been freeze-dried and dissolved in D2O.
The data was used to develop an automated targeted metabolomics workflow called extended AQuA.
Datasetet innehåller 1D- och 2D-NMR-spektra av rotexudat från olika sorters raps (Brassica napus). Spektrumen erhölls med en Bruker Avance III 600 MHz NMR-spektrometer via Topspin version 3.5. För intakta rotexudat finns 1D-1H-NOESY, (1H,1H)-TOCSY, (1H,13C)-HSQC, CPMG- och 1D-diffusionsspektra. I datasetet ingår även 1D-1H-spektra av ett prov som har ultrafiltrerats respektive passerat en SPE-kolonn (fastfasextraktion), samt spektra från ett spikningsexperiment där olika koncentrationer av fem metaboliter satts till både ett poolat rotexudatprov och ett blankprov. Alla prover har frystorkats och sedan lösts upp i D2O. Datan användes för att utveckla "extended AQuA", ett automatiserat arbetsflöde för kvantitativ metabolomik.
Datasetet innehåller 1D- och 2D-NMR-spektra av rotexudat från olika sorters raps (Brassica napus). Spektrumen erhölls med en Bruker Avance III 600 MHz NMR-spektrometer via Topspin version 3.5. För intakta rotexudat finns 1D-1H-NOESY, (1H,1H)-TOCSY, (1H,13C)-HSQC, CPMG- och 1D-diffusionsspektra. I datasetet ingår även 1D-1H-spektra av ett prov som har ultrafiltrerats respektive passerat en SPE-kolonn (fastfasextraktion), samt spektra från ett spikningsexperiment där olika koncentrationer av fem metaboliter satts till både ett poolat rotexudatprov och ett blankprov. Alla prover har frystorkats och sedan lösts upp i D2O. Datan användes för att utveckla "extended AQuA", ett automatiserat arbetsflöde för kvantitativ metabolomik.
Keywords
Organic Chemistry, Organisk kemi, Analytical Chemistry, Analytisk kemi, Chemical Sciences, Kemi, Natural Sciences, Naturvetenskap, spectroscopy, spektroskopi, oil plants, oljeväxter, organic compounds, organiska föreningar, Brassicaceae, korsblommiga växter, Dicotyledons, tvåhjärtbladiga växter, edible plants, näringsväxter, chemical compounds, kemiska föreningar, chemical analysis, kemisk analys, useful plants, nyttoväxter, matter, materia, angiosperms, gömfröiga växter, methods of analysis, analysmetoder, methods, metoder, physical objects, fysiska objekt, plants, växter, seed plants, fröväxter, societal objects, samhälleliga objekt, objects, entiteter, eukaryote, eukaryoter, vascular plants, kärlväxter, abstract objects, abstrakta objekt, organisms, organismer, organic objects, organiska objekt